结构的稳定性、功能的高效性和发展持续性的“三位一体”，就是生态经济区域的优化特征，因此，稳定性、高效性和持续性三大优化标准才是区域生态经济要素合理配置的标准。 人类通过要素配置对生态经济区域的调控必须遵循一定的原则，因为人类对生态经济区域的调控要通过配置合理的结构来进行，所以，从要素组合方式的四个侧面来看，区域生态经济要素的配置需要遵循的原则有：互利共生原则、适度规模原则、同步运行原则、立体布局原则和最大功率原则。 互利共生原则：“由于区域生态经济要素之间存在着互竞、互补及互助三种关系，区域生态经济要素之间具有同类相吸的特性。”因此，生态经济区域有着所有要素特有属性组合的结构形式和功能特征。而在针对生态经济区域的调控时，就需要消除要素之间的“负相互作用、互竞和异类组合、趋利避害”，使要素之间的属性能够相互协调，彼此依赖，能够互利共生。 在对区域生态经济要素进行初建或重组时，不仅要考虑资源导向还要适应市场导向，选择产业、行业时要考虑利益最大化，但也要考虑地域因素、资源因素，最好是综合开发、利用和保护，这就是坚持互利共生原则的关键。而这里所说的利益最大化就是在产业部门与生物群落还有无机环境要素配置之后，区域不但有生态效益和经济效益，还要有良好的社会效益。当然，生态效益和经济效益既对立又统一，不过，它们在根本上是一致的。 形成互利共生的组合格局，就能够协调产业部门之间、生物群落、无机环境和产业部门之间的和谐关系，让城市和农村及所有要素之间都能够和谐，这样就具有由丰富的生物群落和无机环境要素构成的牢固的基础，能够抵抗市场的冲击。这就形成“一种均衡的、复杂多变的、开放的稳定结构，提高区域物质循环能量转化、价值增值和信息传递效率”。 适度规模原则：人类要生存下去，就会需要消费，因此生产永无止境。因为在生产过程中，科学技术会不断发展和渗透其中，就会拓宽社会生产在广度上的规模，以及社会生产深度上的规模深化，所以社会生产的规模在不断扩大。而社会生产规模的扩大也因人们生活水平的提高和人口增长有了必然性。但是，地球只有一个，生态经济区域也是有限的，也就是说区域内部的动物、植物、微生物等生物群落和能源的拥有量等都是有限的。因此，社会生产规模的扩大与其资源和生存条件容量、生长量的有限性之间存在着矛盾，所以我们要坚持适度规模的原则，也就是说“生物群落生长量在无机环境容量一定的条件下，通过要素配置使产业部门和社会群落的规模在一定的限度之内”和“要素配置必须注意扬长避短，发挥优势，消除‘瓶颈’限制”。 同步运行原则：因为在生态经济区域内部，“生物群落的各个因子——动物、植物、微生物的生长、发育、繁殖、死亡的生命机能节律、无机环境的年循环、日循环的环境变化节律，以及产业部门的生产、流通、贮藏、空闲节律和劳动力、资金、物次的生长、运行速度是存在差别的”。这些生态经济要素如果组合在一起，就要形成稳定结构的生态经济区域，且它们的运行节律和速率都要同步，否则后果不堪设想。所以，区域生态经济要素配置要坚持同步的原则。 立体布局原则：立体布局原则是“当生态系统内各个因子之间（如光、热、水、土、动物、植物、微生物）在空间上呈现立体网络格局时，生态系统的结构稳定性最强，物质循环、能量转化及信息传递最优的原理”。 在生态经济区域的人工调控过程中运用立体布局原则，以生态系统立体网络格局来配置生态经济要素，使它们之间在空间地域上能够相互依存、彼此协调，形成互利共生的结果，像林粮结合、林牧结合等，能够合理规划农村、集镇和大中城市的格局，最终形成生态经济区域的立体网络结构。 最大功率原则：生态经济系统根据最大功率原则进行设计和对要素进行配置，使系统满足一切需要，这样来产生最大功率。因此，人们在构建生态经济区域时，要求做到：“构建贮存高品质能量的系统；由贮存能量、物质的系统研究，反馈物质、能量至外界系统以增加外界能量的流入；使物质得到循环利用；建立控制功能，使系统稳定；与系统外交换不同类型的能量、物质，遵循能量投入的搭配原则；对外界环境系统有益，使自身处于有利条件之中。”