生态系统和经济系统相互作用、相互交织、相互渗透而构成的具有一定结构和功能的复合系统就是生态经济系统。一切经济活动都是以它为载体，而所有的经济活动都是在一定的生态经济系统中进行的。 在生态经济系统中，自然资源由生物资源和非生物资源两大部分组成，并构成生态系统的实体。在生物资源中，植物生产者通过光合作用将无机物转化为有机物，通过植物体供给人类和动物，是其主要的食物来源，也成为轻工业产品的重要原料。植物通过光合作用固定太阳能的过程就是第一性生产力过程。因为绿色植物能在提供能量的同时繁衍后代，其生产的延续性得到保证，所以，植物又被称为自养生物，这种生物资源就是一种再生资源，若是人类利用得当，它就不会枯竭；而动物又被称为异养生物，它是“消费者”，需要从植物体中获取营养物质，再将排泄物排放到非生物环境里，然后进入下一个再生产过程；微生物是“分解者”，分解动植物的残体和排泄物，将其还原成各种营养元素，再回到土壤和空气中为植物提供养料。“自然界的植物、动物、微生物与周围环境之间所进行的生产、消费和分解的物质循环和能量转化过程，为人类社会提供了各种物质产品和生态效益，为社会生产准备了物质基础。” 在生态经济系统中，各产业部门存在于经济系统中。“经济系统是人类社会与自然资源相互结合、相互渗透的产物，综合表现了人类社会不同生产发展阶段中的生产力（包括劳动者、生产工具、劳动对象、科学技术、经济管理等）和生产关系（包括生产资料所有制和人们在物质资料的生产、交换、分配、消费过程中形成的相互关系等）两大方面。” 这里所说的生产力是指劳动者运用科学技术或是使用生产工具，利用和改造自然资源，获取人类需要的产品和生态效益的能力，也就是人与自然界物质转换的能力。所以，生产力的发展水平是因为人类对自然资源的利用才形成和发展起来的，因此，人类社会的生产水平和人类利用自然资源和保护生态环境的科学水平就是生产力发展水平高低的反映。生产关系是人们在自然资源的利用过程中，所形成的人与人之间相互合作的社会关系。生产关系会影响生态系统和经济系统，正确的生产关系，会对经济系统的经济再生产的总过程起协调作用，还能使人类对自然资源的开发利用能力得到促进和提高。因此，“人类社会的物质再生产过程，就是自然再生产和经济再生产相结合的过程，是人们通过有目的的活动，改变自然资源的形态和性质，形成能够满足人们需要的产品和生态效益的过程”。由此可见，对自然资源的所有利用和消耗，是一切社会经济再生产过程的基础，必然要在一定的生态环境中才能进行。人类使用科学技术手段，向自然生态系统中输入人力和物力等，然后通过自然生态系统的物质循环和能量转化过程，输出物质产品，而又通过交换、分配和消费等过程，转化成物质资料等，再输入自然生态系统，补偿其之前输出的物质和能量。自然生态系统中的生产者、消费者、分解者和经济系统中的生产、分配、流通、消费的再生产过程彼此合作，互相融入，就推动了行业、企业、产业部门和人类社会物质再生产的往复循环。 在此过程中，经济系统以自然生态系统的资源作为物质基础，而生态系统和自然资源也需要经济系统为其开发利用和保护创造条件。 总之，生态经济系统的运行过程就是人类有目的地开发利用生态系统和自然资源的过程，是合理配置、科学利用自然资源各要素的过程。人们也从生态经济系统认识到，人类经济活动和经济循环与生态循环综合作用的结果，才会促使人类社会的经济增长和物质财富的增加，当然，其中还有人类在经济上生产、分配等和自然资源各要素的合理布局、配置等的作用。因为存在着生态经济系统运行客观规律，所以在发展经济时，人们不仅要研究制约生产发展的经济因素，遵循经济规律进行生产，还要研究制约生产发展的生态因素，也要遵循生态规律进行生产。因此，要将社会、经济、生态作为一个统一整体来研究社会经济再生产，同时采取综合性措施与对策。不仅如此，还要明白经济平衡的客观基础是生态平衡，它只有在生态平衡下，才能使社会经济效益有最优的平衡。这就要求人们在发展经济的时候，不能再过分索取和消耗自然资源，以免自然资源因长期的过度开采而枯竭。不要将生态凌驾于经济之上，也不要将经济凌驾于生态之上，让两者互为条件、相互渗透、相互作用、相互推动地发展，才是正确的生态与经济协调发展的战略。人们还要在经济发展中做到保护资源和环境，科学利用资源和环境，才能促进经济的发展。